home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00041 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  52 lines
  1. *******************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, crp family signature *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One of these subfamilies groups together [1,2,3]:
  8.  
  9.  - aadR, a  transcriptional  activator  of   anaerobic   gene  expression from
  10.    Rhodopseudomonas palustris.
  11.  - anr, a  transcriptional  activator  of   anaerobic   gene  expression  from
  12.    Pseudomonas aeruginosa.
  13.  - crp (also known as cAMP receptor) a  protein  that  complexes with cAMP and
  14.    regulates the transcription of several catabolite-sensitive operons.
  15.  - clp, a protein  from  Xanthomonas campestris   which  is  involved  in  the
  16.    regulation  of  phytopathogenicity.  Clp   controls   the   production   of
  17.    extracellular  enzymes,  xanthan gum,  and  pigment  either  positively  or
  18.    negatively.
  19.  - cysR, a regulator  of  the  expression  of  genes from the sulfate permease
  20.    complex in Synechococcus PCC 7942
  21.  - fixK, a protein from  Rhizobiacae  that  regulates  nitrogen fixation genes
  22.    both positively and negatively.
  23.  - flp, a putative regulatory protein which is  linked  to the trpDCFBA operon
  24.    of Lactobacillus casei.
  25.  - fnr, a protein  that activates genes  for proteins involved in a variety of
  26.    anaerobic electron transport systems in Escherichia coli.
  27.  - fnrN, a probable transcriptional regulator that regulates nitrogen fixation
  28.    from Rhizobium leguminosarum biovar viciae.
  29.  - hlyX, a protein  from  Actinobacillus  pleuropneumoniae,  which  confers  a
  30.    hemolytic phenotype  on Escherichia coli.  HlyX  may  regulate, rather than
  31.    mediate, hemolytic activity.
  32.  - ntcA, a regulator  of  the  expression of genes subject to nitrogen control
  33.    in cyanobacteria such as Anabaena or Synechococcus.
  34.  
  35. The 'helix-turn-helix' DNA-binding motif of these proteins  is  located in the
  36. C-terminal part of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins
  37. starts two residues before the HTH motif and ends two residues after it.
  38.  
  39. -Consensus pattern: [LIVM]-[STAG]-[RHW]-x(2)-[LI]-[GA]-x-[LIVMFYA]-[LIVS]-G-x-
  40.                     [STAC]-x(2)-[MT]-x-[GST]-R-x-[LIVMF]-x(2)-[LIVMF]
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43. -Last update: June 1994 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Spiro S., Guest J.R.
  46.      FEMS Microbiol. Rev. 6:399-428(1990).
  47. [ 2] Irvine A.S., Guest J.R.
  48.      Nucleic Acids Res. 21:753-753(1993).
  49. [ 3] De Crecy-Lagard V., Glaser P., Lejeune P., Sismeiro O., Barber C.E.,
  50.      Daniels M.J., Danchin A.
  51.      J. Bacteriol. 172:5877-5883(1990).
  52.